En 1862, un año después de la Batalla de Pavón donde Urquiza le cede la victoria, Bartolomé Mitre, asume a la presidencia del país. Las resistencias del interior Federal se hicieron más intensas y es designado como gobernador de San Juan, Domingo F. Sarmiento, quien acompañado por el general Wenceslao Paunero lanzó una verdadera campaña de exterminio contra las golpeadas fuerzas federales, llegando a degollar al caudillo riojano Vicente “Chacho” Peñaloza y clavar su cabeza en la localidad plaza de la ciudad de Olta, el 12 de noviembre de 1863.
La Guerra de la Triple Alianza (1864 – 1875) es la continuidad del enfrentamiento que encabeza Buenos Aires contra el Partido Federal, que sumió a Uruguay, Argentina, Brasil y Paraguay en el conflicto armado más sangriento que conociera el Continente, dejando al Paraguay floreciente devastado. Al mismo tiempo, el resto de participantes en la conflagración resultaron terriblemente endeudados con la Banca de Londres y debieron hacer una serie de vergonzantes concesiones a la soberanía, liberalización de normas y leyes que regulaban hasta entonces el comercio y la navegación de los ríos, dejando prácticamente toda la política económica y comercial en manos del capital y la corona inglesa. El quiebre de la Banca Brasileña Mauá y el fin de la monarquía portuguesa también forman parte del epilogo que dejó la Guerra del Paraguay.
A nivel político, la derrota del Paraguay y el asesinato del Mariscal Francisco Solano López, en manos de esclavos libertos brasileros, significó el fin de la hegemonía del Partido Federal en la región representada por el liderazgo de López, la caída del Partido Blanco en el Uruguay, el renunciamiento y claudicación de Urquiza a tomar la dirección de la política nacional ante Mitre y Buenos Aires, fuertemente aliado a la corona inglesa.
Mitre, le había dejado la conducción del ejército de la Triple Alianza al Brasil. Luego de una serie de derrotas por impericia del general porteño, pasa el mando, al nefasto asesino de esclavos llevado a héroe nacional brasileño, Duque de Caxias, para dedicarse a los problemas de las sublevaciones de las provincias y a pelear las internas de gobierno. A partir de ahí será Brasil quien continuará incansablemente la guerra hasta la derrota total paraguaya y dar cobarde muerte a su caudillo.
Para esa época el ejército argentino estaba compuesto por fuerzas semipermanentes. Integrado por el “ejército de línea”, milicias provinciales denominadas Guardias Nacionales constituidas, como describe José Hernández en el Martín Fierro, por colectivos de gauchos enganchados por levas de forma violenta e involuntaria, que sumado a los indios “amigos”, actuaban en la lucha de fronteras ante el avances de los malones, y de donde se recurría para intervenciones militares a las provincias contrarias a Mitre, y luego a Sarmiento, quien en 1968 asume la presidencia.
Con Sarmiento en la presidencia, la cuestión de la Guerra del Paraguay, prácticamente pasa a un segundo plano, ya que toda la carga del conflicto estaba en manos de Brasil. Es por eso que se dedica a la guerra de policía y vuelve resuelto a finalizar la guerra contra los caudillos federales del interior, que desde la muerte del Chacho no son tratados como opositores políticos, sino como delincuentes a los que se les tortura y da muerte una vez capturado.
La Guerra del Paraguay, es el nodo que aglutina todas las fuerzas que se desatarán en el proceso económico y político posterior, que se pondrá de manifiesto al término de la Campaña al Desierto de Roca: por un lado, un ejército técnicamente moderno con alcance territorial nacional con una jerarquía profesionalizada y una amplia clase terrateniente surgida de la espada que consolidó una oligarquía política con el avance del Estado sobre tierras indias, que aliada a capitales ingleses y europeos principalmente, inició la integración del país al Mercado mundial al ritmo de los silbidos de las locomotoras ferroviarias, los hilos telegráficos y las exportaciones a granel de cereales y carnes congeladas en los frigoríficos ingleses de Buenos Aires.
Casi todos los actores sociales que ocuparon el centro de la escena política a partir de 1880 participaron o tuvieron roles destacados en la Guerra del Paraguay. Roca, Mansilla, Alem, López Jordán, Hernández, entre otros, formaron en las líneas argentinas, tuvieron una participación opuesta a la guerra, o se pasaron, con las declaradas por Buenos Aires “filas enemigas”, a combatir junto con los federales Paraguayos o los blancos del Uruguay.
Los alzamientos federales que se sucedieron como respuesta al horror de la guerra fueron fuertemente reprimidos y aunque fracasados, no fracasaron por carecer de seguidores. Se movilizaban poblaciones enteras, con tropas menos preparadas y en ocasiones también numéricamente inferiores, se enfrentaban a los ejércitos de línea y muchas veces ponían en jaque a las fuerzas nacionales.
Felipe Varela, a principios de 1969 será el continuador de la estirpe de caudillos que habían surgido en las montoneras cuyanas. Así como el Chacho había ganado su fama en los combates liderados por Facundo Quiroga, Varela se constituye en el líder de las fuerzas populares del norte que enfrentaran al gobierno centralista porteño. Derrotado, luego de miles de escaramuzas, es perseguido por la tropas de Sarmiento, y deberá cruzar la cordillera para radicarse como antes el Chacho, “en Chile y de a pie”, para al poco tiempo morir pobre y en el exilio.
Para el fin de la Guerra del Paraguay, el 11 de abril de 1870, se desarrolló la última rebelión federal en la provincia de Entre Ríos. Conducida por la mayor espada que tuviera el ejército urquicista en sus filas, la rebelión de Ricardo López Jordán, tiene como comienzo la anunciada muerte de Urquiza que hiciera Hernández cuando asesinaran al “Chacho” Peñaloza por mano unitaria, solo que el caudillo entrerriano morirá por alguien salido de su mismo partido y de sus más cercana intimidad, como fuera López Jordán, quien se cree enviara la partida que ejecutó la muerte de Urquiza.
Cuando el 16 de diciembre de 1876, fuera capturado López Jordán, seis años habían pasado desde que se iniciara una rebelión que fue enfrentada de la manera más cruel, nos solo por la cantidad de degollados, fusilados y torturados, sino también porque se enfrentó a compatriotas con los más modernos armamentos de la época como los fusiles de repetición Remington y las ametralladoras Gatling.
El repliegue que realizó Urquiza sobre su provincia durante la guerra, dejando atrás la causa federal para dedicarse a la administración de Entre Ríos como si fuese una gran estancia y la venta de la caballería nacional al ejército del Imperio del Brasil, unos 30.000 caballos preparados para el combate, sumado a que recibió a Sarmiento como presidente de la Republica, a principios de 1870, en el Palacio San José con grandes honores, fueron los hechos que decidieron a los fedérales entrerrianos sumarse a la causa jordanista.
Sarmiento, quién se había construido así mismo como el gran enemigo del partido federal, llevando la guerra sin cuartel y terrorista desde el Estado a las poblaciones del interior, ordenado la muerte del Chacho, y sugiriendo la muerte por degüello de todos los soldados opositores detenidos, ocupaba con merito suficiente el lugar de ser el representante del partido unitario más odiado. El 22 de agosto de 1873, dos anarquistas de origen italiano, los hermanos Francisco y Pedro Guerri, junto con Aquiles Sesabrugo, que declararon luego haber sido contratados por Carlos Querencio, quien con otros jordanistas se veían amenazados de muerte, fallaron en el atentado porque a uno de ellos a Francisco de 22 años, le estalló el trabuco con el cual iba a efectuar el disparo estaba demasiado cargado y le destrozó en la mano. Sarmiento se dirigía a la a casa de Vélez Sarsfield, cuando a la altura de Corrientes y Maipú lo interceptaron los hermanos Guerri. Siempre se dijo que la explosión que apenas sacudió el coche en que viajaba pasó desapercibida por la sordera de Sarmiento, sin embargo los caballos se encabritaron y otros disparos dieron en una pared, análisis químicos posteriores también revelaron que las balas y los puñales estaban envenenados. Este será uno de los primeros atentados anarquistas que iniciará una seguidilla de “venganzas” hacia los percibidos como detentores del poder y “verdugos” de la clase obrera.
A fines de la Guerra del Paraguay, en relación a la organización de las fuerzas militares nacionales, se fundaría el Colegio Militar de la Nación, cuyo primer director fue un militar y topógrafo húngaro, Juan F. Czetz, que se casara con Basilia Ortiz de Rosas, hija de Prudencio Ortiz de Rozas, hermano del Restaurador. A partir de las discusiones posteriores a la guerra que tuvieron lugar con la corona del Brasil, como de dividirían las tierras del Paraguay y las sanciones monetarias que estrangularían al país guaraní, decidió a Sarmiento modernizar la Escuadra Naval Argentina para lo cual creó la Escuela Naval, compró nuevos buques, estableciendo así la primera escuadra argentina con capacidad de igualar a la flotas navales más poderosas de la región de entonces, como eran Brasil y Chile.
